Buenas, primero que nada: gracias por responderme.
Te cuento: al include lo llamo de una direccion absoluta, es decir "http://..."
A las variables del include al que llamo desde la pagina principal las empiezo a utilizar directamente,
El header seria:
<?
if ($a=1) {accion;}
else($a=2) {otra accion;};
?>
Y el index seria:
<?
include(
http://www..../header.php);
?>
Por la url mando las variables de esta forma:
http://www.misitio.com/index.php?a=1&b=2 etc, etc
Saludos.