Hola,
Con $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] obtienes la ruta que tiene configurado el servidor web como directorio raiz del sitio.
Pero lo que no entiendo es que quieres decir con "enlaces". Si son enlaces HTML (<a href>), pues para hacer un enlace absoluto sigue siendo con /.
Si a lo que te refieres es a las rutas que especificas en include(), fopen() y demas funciones de ficheros, si tendrias que usar $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] para crear la ruta absoluta.
Saludos.