Sinceramente .. por claridad de tu código y organización .. sería recomendable que trabajases con las rutas absolutas como ya lo haces ..
Imagina el hipotético caso de un archivo (classe o lo que sea) en vários directorios de tu include_path de mombre igual ..
Aquí tienes la documentación oficial de como usar tu .htaccess para variar la configuración de PHP.
http://www.php.net/manual/en/configuration.changes.php
Pero antes de eso deberías asegurarte de que esa directiva se puede modificar por un .htaccess (y/o ini_set() ).. No todas se puede:
http://www.php.net/manual/en/configu...directives.php
Un saludo,