Podrias usar los comandos "tipicos" para DOS (windows) en tu exec() .. pero lo ideal es que NO dependas del S.O. que use el servidor que corra tu aplicación .. ademas que no todo servidor (PHP en su configuración) te va a dejar hacer un "exec()"...
Te recomendaría (aunque sea más lenta la ejecución) que vieses alternativas como las que se proponen en los comentarios de los usuarios de:
http://www.php.net/manual/en/function.rmdir.php
Ahí veras funcioens que usan funciones básicas de PHP para borrar un directorio completo (con subdirectorios y archivos que tenga).
Un saludo,