Hola,
en primer lugar para que quires llamar a un popup desde PHP, si lo puedes hacer desde el mismo HTML?
Solo tienes que asociar la llamada a esa funcion javascript a un evento sobre un elmento HTML, por ejemplo al evento onClick de un link:
<a href=... onClick="ventanaSecundaria(")">...</a>
No le veo sentido a lo del popup que quieres hacer con PHP
Espero haberte orientado un poco, si tienes alguna duda no dudes (valga la redundancia) en decirlo,ok?
un saludo
