Hola,
Los arrays de PHP no aceptan esa nomenclatura (tabla.campo). Para poder acceder a los campos de igual nombre, pero de tablas distintas, tienes que crear alias para esos campos, y referirte a esos alias:
Código PHP:
$sql3 = mysql_query("SELECT aulas.id_aula as id_aula_aulas, datos.id_aula as id_aula_datos FROM aulas,datos WHERE aulas.id_aula=datos.id_aula") or die(mysql_error());
...
echo "Aula de la tabla Aula : ". $row3['id_aula_aulas'];
echo "Aula de la tabla datos : ".$row3[id_aula_datos];
Saludos.