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[josemi]

Hola,

Fijate en el codigo HTML generado por tu script ("Ver->Codigo fuente" en tu navegador). Si te das cuenta, abres una tabla para cada fichero dentro del bucle, pero solo cierras una vez la tabla fuera del bucle. Estas creando HTML no valido. Y tampoco cierras el <tr> y <td>. Aclarate lo que quieres: muchas tablas o solo una tabla; muchas <tr> o solo una. Y mete solo dentro del bucle lo que se repite. Puedes hacer primero el HTML que quieres que resulte, y a partir de el, haces el PHP que lo genera.

Y sobre lo de quitar la extension, fijate el valor que tiene $value dentro de ese bucle donde se ejecuta el str_replace().

Suerte.