puedo ejecutar un comando del sistema operativo des de php

[Herminio Heredia San]

como comenta cluster antes de dar el paso de ejecutar llamadas al sistema. Prueba ver el rendimiento que obtienes ejecutando esas instrucciones desde las funciones de mysql que implementa php.
Obviamente la llamada al sistema tarda un tiempo en llevarse acabo pero a un asi la ejecucion del comando mysql por parte del sistema es mcuho mas rapida que hacer consultas desde php sobre todo cuando estas importando una gran cantidad de datos.
Ahora el problema en linux, es que hay un esquema de permisos que pùeden hacerte la vida dificil sobre todo por que el usuario que ejecuta el apache generalmente no tiene permisos para ejecuar nada. con lo cual uan llamada directa a system y derivados te marcara un error.
Lo que pùedes hacer es hacer uso de un wraper que haga la llamada al comando especifico uno que puedes usar es el comando sudo. con el cual le das permisos temporales al usuario del apache para ejecutar llamadas del sistema.
Obviamente tienes que tener a la mano la version mas reciente de este comando por los detalles de seguridad y que tengas acceso a root para instalar y compilar el sudo.
La llamada a este comando la puedes hacer con un popen o con proc_open.