Parece que usas el DHTML Sothink menú. ?
La llamada al stm31.js puede estar en tu <head> o en el <body> (yo lo uso en el body sin problemas) .. Eso sí . .ha de estar antes de la definición del própio menú (del javacript que pusistes aquí).
Ló único que tienes que tener presente son las rutas de los archivos implecados si lo vas a usar bajo un include() tuyo en cualquier página de tu sitio.
Usa rutas relativas tipo ../../ ... o donde desde el script/pagina que llames a tu include() que usa dicho Javascript. Puedes usar también rutas tipo:
http://www.tal.tal/nose/javacript/stm31.js para la llamada a tu javascript ..
Un saludo,