Usa nl2br() antes tipo:
Código PHP:
<?
$variable="algo con \n saltos de línea \n como este ejemplo";
?>
<script languaje=javacript> ...
var contenido='<? echo nl2br($variable) ?>';
etc ..
</script>
Así no debería darte problemas .. (suponemos que ahí esa rutina javascript va a interpretar el HTML correctamente con sus <br>)..
Un saludo,