Hola,
Depende de como definas modulo. Porque para mi un "modulo" puede ser una extension de alguna parte de la aplicacion, como un nuevo "filtro" para los mensajes posteados en el foro (un analizador del la pregunta y genera una lista de mensajes antiguos que pueden ayudar). O un modulo puede ser una miniaplicacion que usa librerias de la aplicacion principal (como un foro que use la autentificacion de la aplicacion). O un modulo puede ser cualquier cosa.
De todas formas, deberias diseñar una API o interfaz para que el modulo pueda interaccionar con la aplicacion principal, y esta con el modulo. Podrias hacer que todos los modulos sean subclases de una clase Modulo, con un interfaz basico y que permita la extraccion de los metodos propios (creo que java trae algo asi de serie).
Deberias leer algo sobre "patrones de diseño". Mira en
www.phppatterns.com .
Saludos.