Hombre, lo de que un programa es un conjunto de órdenes, depende del paradigma de programación que uses. Porque según la programación orientada a objetos, no programas órdenes, pero sí describes objetos y las relaciones que se pueden dar entre ellos.
Por lo que no sólo tienes que conocer las herramientas que te proporciona el lenguaje (las funciones == tags?), tienes que atender a la semántica de un programa, es decir su significado.
De todas formas, aunque uses programación imperativa, esa definición que das del concepto programa se acerca más a la de un algoritmo, que sí es un conjunto finito de órdenes o pasos para resolver un problema. Pero no puedes decir que toooooodo un programa es un algoritmo. (Para no perderme/nos, hablamos de programas como aplicaciones web).
Aunque por más que te releo no termino de pillarte:
Al tener una referencia sobre todo lo que se puede hacer con php,es posible simplemnte copiar los comandos yo ordenes y juntarlos de un modo que sea rapido y util.
La referencia no describe el cómo,sino el qué ¿no?
Por que si vamos al sitio oficial de php veremos que hay una definicion y ejemplo para cada comando (echo,if,for) y eso es a lo que me refiero.
Claro, es necesario para conocer bien las herramientas del lenguaje, pero no todo se queda ahí. No te dicen cómo desarrollar una aplicación web. (otra vez el cómo, pero sí el qué)
no sé, a lo mejor me estoy peleando con mis propias palabras!
yo creo que con los posts de arriba de josemi y demás el asunto queda bastante claro.