Esas directivas se refieren a como ha de propagar PHP el SID (Identificador Único de Sesión).
Según tu configuración . .si usas sesiones (session_start() .. etc ..) el SID que identifica a tu sesión como única se va a propagar (pasar entre páginas/scripts) en una cookie (sólo ese SID .. no los datos que igualmente de la sesión van a permanecer en el servidor .. justamente relacionados con ese SID que se creó y propagas en tus scripts para que "sepan" que esa es su sesión).
Por lo tanto .. esa "cookie" la crea PHP .. y si te fijas tienes más directivas en tu PHP.ini que afectan a como se crea esa cookie. A su vez .. si usas sesiones con "session.use_cookie" debes disponer de un navegador (cliente) que las acepte .. sino no se podrá propagar el SID y perderas tus variables de sesión (siempre se crearrá un SID nuevo .. nuca se leerán las variables de sesión de las anteriores ..)
Las directivas:
session.use_only_cookies = off .. indica (a ON) que SOLO vas a usar cookeis para propagar el SID
session.use_trans_sid = off .. indica que PHP (a ON) va a reescribir los tag HTML comunes tipo link, formularios (campos hidden crea) y algunos más (en la url_rewrite_tag directiva lo define ..). Esto es por si decides NO propagar el SID en cookies .. en ese caso PHP añadirá el SID en todos esos redireccionamientos como links y formularios... SI a su vez esa directiva la usases a OFF (junto con no usar cookies para propagar el SID) deberías propagar completamente manual tu el SID añadiendolo en cada tag o redireccionamiento que hagas.
Todo esto lo detalla el manual oficial de PHP (y más extenso) en:
www.php.net/session
Un saludo,