Puedes usar PHP como cliente FTP para automatizar ese proceso.
Usa las funciones ftp_xxx() de PHP (
www.php.net/ftp).
En principio .. instala el script que hagas en tu servidor 1 (suponemos con soporte PHP) .. y ahí conectas al 2 .. Los archivos los mueves directamente del sistema de archivos (fopen() ...). Bajo la misma filosofía podrías por ejemplo: tener un servidor N .. que corra tu script php como "cliente FTP" .. que baje los archivos al servidor de forma temporal del servidor 1 y se los pase por FTP al 2 .. Esto sería para hacer algo genérico y mover archivos entre un par de servidores FTP.
Supongo que si buscas en sitios como hotscripts.com encontraras ya hechos estos "clientes FTP" basados en FTP.
Un saludo,