Primero tienes que aclararte que quieres saber, si el numero de registros, o simplemente el ID del ultimo. Es que tal como dices que quieres usarlo, lo que quieres es el numero de registrados. Y eso se hace con el COUNT(). Porque tal como dices
Cita: cada registro tiene un ID el cual se autoasigna por mysql solo
Deberias saber que los autonumericos de MySQL no "rellenan" los huecos dejados por los registros eliminados. Asi que si tu tienes los ID 1,2 y 3, y borras el 2, obteniendo el ID te saldra 3, pero con el COUNT() te dara 2. Es mas, si añades un nuevo registro, este nuevo tendra ID 4, con lo que obteniendo el ultimo ID tienes 4, pero con COUNT() tienes 3.
Asi que es con COUNT() como obtienes el numero de registrados.
De todas formas, si quieres obtener el ultimo ID, es decir, el mayor, solo tienes que coger el ID del primer registro ordenados los registros por ID de mayor a menor.
Saludos.
PD: De todas formas, mas que un "comando" PHP, es una consulta SQL.