Hola, pues ya he sacado lo que buscaba, he utilizado el foreach que has puesto y lo he modificado un poco :
Código PHP:
foreach ($_POST['aficion'] as $id){
if($id==1){$afi[0]=1;} else {$afi[]=0;}
if($id==2){$afi[1]=1;} else {$afi[]=0;}
if($id==3){$afi[2]=1;} else {$afi[]=0;}
if($id==4){$afi[3]=1;} else {$afi[]=0;}
Así cuando un checkbox este marcado en la base de datos aparecerá la afición con "1" y si no esta marcada pues con "0".
Gracias por la ayuda :)