Hola,
No tienes que hacer el count(), simplemente sacar el valor del elemento que quieres contar. Asi, el numero de gatos es:
Código PHP:
<?
$lines = file('prueba.txt');
$animaltotal = (array_count_values($lines));
$gatototal=$animaltotal['Gato'];
echo 'numero de gatos es'.$gatototal;
?>
Saludos.
PD: Bien, es cierto, este script te calcula la cuenta de todos los tipos de lineas. Si lo que quieres es solo contar un tipo de lineas, podrias intentar algo con array_reduce() (
www.php.net/array_reduce). Seria algo como el ejemplo de la suma, solo que irias sumando uno al total solo si el valor el igual al tipo de linea.