Bueno eso NADA tiene que ver con el Sistema Operativo del servidor, sencillamente es un límite de tiempo máximo de ejecución que se establece en el PHP.INI, y que usualmente se pone en 30 segundos.
Lo que puede estar sucedirndo es que algun script puede estarse llevando mas tiempo en ejecutarse debido a una gran carga de información a procesar.
Si crees que tu script no debiera presentar esos errores, tal vez tengas algun WHILE o FOR que se está ejecutando infinitamente. Revisa la sintaxis de tus bucles y cuida no estar asignando (=) donde corresponda una comparación (==)... por ejemplo:
for ($i=1;$i=10;$i++) {
//rutina
}
Ese bucle se ejecutará infinitamente, pues la segunda condición debería haber sido, por ejemplo $i>=10
