Para trabajar con fechas lo mejor es tener campos de tipo date o datetime que contienen toda la fecha.. no es necesario guardarla en tres campos...
Simplemente recuerda que se guarda en formato aaa-mm-dd (o sea que tendrás que acomodarla en ese formato antes de guardarla)...
Así cuando hagas la búsqueda pones algo como:
Código PHP:
$fecha = "2003-12-31";
$sql = "SELECT * FROM tabla WHERE fecha='$fecha'";
Saludos