Hola,
La manipulacion genetica es mala
Mas en serio, tienes 3 gatos, ¿cuales quieres alterar? Si seria transformar todos los gatos en tigres, seria mas sencillo. En
www.php.net/array hay una funcion que te permite aplicar una funcion a cada elemento del array.
La forma "normal" seria localizar los indices en el array creado por file() de los elementos que quieres modificar, modificarlos, y grabar el array pisando el contenido.
Para localizarlos podrias recorrer el array, comparando el valor con 'gato'.
Saludos.