Hola,
Si te cargas las URLs notax.html, los links en otras paginas a esa URL daran error. Google (y demas buscadores) siguen los links, asi que google seguira ese link y encontrara un error, y borrara esa URL de su indice (con la perdida de PR).
Las nuevas URLs seran paginas nuevas para los buscadores.
Solucion: configurar tu servidor para redireccionar (301) las URLs viejas (notax.html) a las URLs nuevas correspondiente (ver.php?nota=x). Lo puedes hacer configurando tu servidor web o creando un script PHP de error 404. Tambien podrias mantener las paginas actuales notax.html, pero que tengan solo una redireccion (con meta refresh) a la URL nueva.
La solucion es parecida al problema de crear URLs "amigables" para buscadores, asi que revisa este tutorial de zonaphp:
http://www.zonaphp.com/articulo30.php . Incluso si el formato de las URLs notax.html te lo permite, puedes usar el mod_rewrite para mantener esas URLs pero llamando a las URLs actuales.
Saludos.