Hola, para usar arrays (o cualquier otro tipo de variable para el caso) en una cookie, una buena forma es usar la funcion serialize
http://ar2.php.net/manual/en/function.serialize.php
y para poner una cookie, es setcookie
http://ar2.php.net/manual/en/function.setcookie.php
el codigo quedaria algo asi:
Código PHP:
setcookie(serialize($array));
Saludos