Usa comillas dobles y escapalas ...
Código PHP:
echo "<li><a href=\"TSM_prof.php?prof=$p\" Onclick=\"window.open('TSM_prof. php','','resizable=no,toolbar=no,width=480,height=
250,left=250,top=85,scrollbars=no')\">".$p." metros</a></li>";
javascript es muyy sensible a las comillas simples o dobles que se usen . así que si javascript dice que han de ser simples .. al incrustarlo desde PHP en un echo deberás usar dobles y si ya usabas dobles debes escaparlas ..
También puedes "cortar" PHP tipo:
<?
PHP ....
?>
tu HTML/javacript
<? echo $variable_PHP ?> mas HTML .. etc .. Javascript ...
<?
mas PHP
?>
Un saludo,