Puedes generar completamente el documento PDF dinámicamente desde PHP (con classes como R&OS, FPDF o PDF Lib por citar algunas) o bien puedes tener tu archivo PDF como plantilla (ya creado) que esté diseñado para usar FDF (Forms Data Format) (requiere de la instalación de esa extensión para PHP).
Revisa los comentarios similares al comentario de: adam at andemyte dot com (02-Aug-2002 05:30) en:
http://www.php.net/manual/en/ref.fdf.php
Se indica un técnica para procesar un PDF ya generado (que contenta los campos creados) sin usar librerias/extensiones extra.
Un saludo,