Si claro que se puede hacer,
te paso un codigo para hacerlo
Código PHP:
$conn = mysql_connect($CONFIG['dbserver'], $CONFIG['dbuser'], $CONFIG['dbpass']) or die (mysql_error());
mysql_select_db($CONFIG['dbname']);
$prefijo = "phpbb_";
$result_tablas = mysql_list_tables($CONFIG['dbname']) or die (mysql_error());
while ($row = mysql_fetch_row($result_tablas)) {
$sql = "ALTER TABLE `".$row[0]."` RENAME `".$prefijo.$row[0]."` '";
mysql_query($sql) or die (mysql_error());
}// FIN WHILE
mysql_close($conn)
Ten en cuenta que este script te cambia el nombre de todas las tablas de la BDD, osea que si tienes otras que no sean de phpbb pues tb las cambiara
si es asi quizas mejor hacerlo una a una o bien con el MyAdmin
o creando un array antes con el nombre de las tablas que vas a modificar
espero que te sirva
Un saludo