Sobre todo depende de lo que quieras hacer. Es decir, si tu tienes un AVI y quieres crear un AVI subtitulado, haces una cosa, pero si tienes un AVI y quieres crear un MPG subtitulado, lo haces de otra forma... Todo depende de lo que quieras hacer exactamente. Si quieres dar un vistazo:
www.mundodivx.com/subtitulos/index.php