Pues .. para que te hagas una idea ..
un require() o similar son funciones de acceso al sistema de archivos de ese servidor .. eso incluye moverse por la estructura de directorios de ese servidor .. abrir tu archivo y procesarlo para que PHP "mezcle" lo que llamas externo con lo que ya tiene y de ahí ejecutarlo todo como si de un script único se tratase.
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Para el tema de "optimizar" .. creo que sería bueno que viese más técnicas para algo que tal vez ya estés resolviendo de alguna forma. Por ahí podrías evaluar si lo que haces es "optimo" pese que ya funcione.
El tema de "base de datos" es otra cosa. Ahí tienes sus própios temas sober "normalización", SQL y modelo de datos ... Revisa manuales sobre el tema.
Algunos sitos para que te documentes si no los conocias:
http://www.phpbuilder.com/ http://www.phppatterns.com/ http://www.sitepoint.com/ http://www.devshed.com/
Un saludo,