Hola RaY
Un M2P es igual que un MPG, pero sólo puede contener MPEG-2 (SVCD, CVD, DVD) mientras que el MPG puede contener MPEG-1 o MPEG-2. Dicho de otro modo, un SVCD puede ser indistintamente .MPG o .M2P (eso a tu gusto).
Yo probaría a cambiar la extensión .M2P por .MPG a ver si así el Nero lo coge. Lo raro es que pase eso y no sea justo al revés, que el del canopus funcione y el del tmpgenc no
En cualquier caso, si no funciona, puedes probar a demultiplexar y multiplexar el archivo con el mismo tmpgenc. En File -> MPEG Tools -> Demultiplex, cargas el archivo y guardas video y audio por separado. Luego en Multiplex añades esos dos nuevos archivos, seleccionas un Type "MPEG-2 Supervideo CD VBR" y lo guardas. Y vuelves a probar con Nero.
Tampoco sé decirte más de por qué pasa eso, son casos raros o aislados, y sepa dios por qué pasa
Adelante, prueba