lo mejor para empalmar animaciones es sin duda el adobe premiere, es sencillo de utilzar,lo que tiene que hacer es renderizar las animaciones en el programa de animacion 3d que tengas(te recomiendo el 3d studio max4)y luego que tenes el avi hecho lo pasas al premiere, donde ahi podes agregar efectos transiciones, etc
o tambien lo podes hacer de video post del 3d studio max pero es un poco mas complejo y no tan intuitivo como el adobe premiere
si estas interesado en un curso de animacion
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espero que te haya sido util