Hmmm.. la creacion de un panel de control com el ensim, plesk y similares requieren en su mayoria interaccion con el sistema, por que hay que modificar archivos que solo root debe de tocar al menos en sistemas *NIX.
Lo que dificulta esta tarea es que los scripts de php no son ejecutado por root, segundo tambien es importante saber que tanto control tienes en los servidores como para meterles mano..
Esto lo comento por que en una ocasion que tuve que hacer algo asi tuve que usar sudo para acceder a archivos de configuracion y hacer cambios. Devido a que no teniamos suficiente control como para implemenmtar otro mecanismos. A hora que si te dan al livertad de hacer las cosas, te recomendaria que implementaras los parches que hay para la mayoria de los servicios que se requieren en servicio de hosting como ftp, dns, mqil etc. ya en estos tiempo estos parches implmenetan que la configuracion e informacion de usuarios se pueda almacenar en base de datos, ya con eso te quitas en buena parte la monserga de usar sudo o cualquir otro wrap para acceder al sistema..
Algunos de los servicios que puedes administrar de esta forma son los siguientes:
proftpd:
http://www.castaglia.org/proftpd/mod..._conf_sql.html
Para trabajar con el mail server:
http://www.dbmail.org/
y son los que recuerdo ahorita de memoria pero tambien hay o habia un proyecto para controlar la configuracion para el bind.. etc..
date una vuelta por
http://freshmeat.net hay puedes encontrar mas proyectos interesantes.