Puede ser por el framerate, pero sólo si has hecho alguna conversión de formato. Si por ejemplo los has pasado a MPG, tienes que tener en cuenta que si el WMV iba a 25 fps debes pasarlo para la zona PAL, y si va a 23.976 o 29.976 debes pasarlo a la zona NTSC. Si lo haces al revés, o el WMV tiene cualquier otro framerate distinto a esos 3, seguro que el audio se va a desincronizar.
Ayudaría saber muchos datos, por ejemplo el programa o programas que usaste, a qué formato pasaste, cómo lo grabaste (datos, cd de video o supervideo), qué características tienen esos videos WMV, etc.
Un saludo
