Creo que primero tendrías que ver la base sobre "base de datos" .. y luego más especifico sobre las BD que puedes trabajar con Mysql y su SQL (lenguaje de consultas) própio ...
A continucación como dices que vas a trabajar con PHP-Nuke .. esa aplicación tiene su própia estructura de datos y sus própios métodos/técnicas para accederla así que deberas entender como funciona su modelo de datos para poder hacer modificaciones o usar esos datos a tu antojo.
Creo que .. en el momento que pases el punto 1 (parrafo primero de mi comentario) ya sabras diseñarte tus própias aplicaciones y pienses en implementar tu própio sistema .. tal vez ayudandote de classes/objetos/funciones específicas para algúna taréa concreta como por ejemplo: capas de abstracción para BD, sistemas de "templates" (plantillas), etc .. y leer sobre técnicas como "web modulares" y similares para ir empezando.
Links de lectura recomendada:
www.mysql-hispano.com (para temas de Modelo de datos, lenguaje SQL y afines para Msyql).
www.mysql.com (la Web oficial de Msyql donde encontraras su lenguaje SQL definido).
www.phpclasses.org (por si te animas a ir empezando a usar classes predefinidas para taréas concretas).
www.php.net (el manual oficial de referencia de PHP .. hay que leerlo)
www.zonaphp.com (manuales vários .. sobre todo presta antención al de "web modulares").
Y luego las web's oficiales de PHP-Nuke donde seguro que encontraras un manual "técnico" que explique el "modelo de datos" de este y como crear "módulos" y demás aplicaciones própias para ese entorno (CMS - Content Manager System).
Un saludo,