beuno si lo que quieres es incluir solo el menu (que supongo eso es lo que quieres) fijate si no estas comentiendo error con las rutas de los link por ejmplo:
supongamos que el menu esta en una subcarpeta llamada menu:
entonces la dirección para ir al link seria
<a href="../lo_que_sea/pagina.php">
pero que pasa si incluyes el menu en el index es decir no en una subcarpeta... pues esta direccion estaria mala, recuerda que el "include" incluye las lineas del codigo en este caso la forma correcta de colocar la direccion seria la siguiente
<a href="lo_que_sea/pagina.php">
mira que no me devolvi en la carpeta
bueno espero em halla hecho entender
un saludo