la verdad, con esas funciones solo puedo darte una opinión parcial, no me dicen nada, hace falta ver desde donde se mandan llamar y bajo que circunstancias.
Si te sirve de algo puede reemplazar los espacios asi:
<?php
$cadena = "esta cadena tiene un \n salto de linea";
$nuevaCadena = str_replace("\n"," ",$cadena);
echo nl2br($cadena);
echo nl2br($nuevaCadena);
?>
las ultimas dos lineas son solo para corroborar que se eliminaron los saltos de linea "\n" la función que los reemplaza es str_replace, y aqui los reemplace por un espacio en blanco, tu puedes usar cualquier otra cadena.
Si te sigue dando problemas incluye todos los códigos (aunque si es mucho no se si este permitido) o me los puedes enviar a mi correo
[email protected] , en cuanto pueda los checo y te doy respuesta. saludos