Tienes que realizar un pequeño script que por el pase todo link a redirecionar .. Todo esto con el objetivo de poder "meter" por médio la lógica que llevará tu contador: sea para almacenarlo en una Base de datos .. o en un archivo de texto plano .. etc ..
ir_a.php?url Código PHP:
<?
// Tu lógico de conteo .. no se si a una BD .. o a un archivo de texto plano .. etc ..
// Y la redirección para entregar la página/archivo como si de un link directo se tratase.
header ("Location: ".$_GET['url']);
?>
Y tus links ahora tendrán que ser tipo:
echo "<A HREF=\"ir_a.php?url=$dirdoc/$doc\">Abrir documento</a>";
Un saludo,