Revisa la función:
str_pad()
www.php.net/str_pad
Y tambien te vendrá bien number_format() para darle formato (miles, etc) a tus números ..
pero, antes filtra los "puntos" de tus ingreso de datos para evitar problemas con str_replace(".","",$numero) .. Es decir, reemplazar los puntos por nada para dejar "limpio" el nº (y un trim() tampoco vendría mal aplicado a esa variable).
Un saludo,