Bueno a continuacion te paso el código que yo utilizo para generar un pop-up desde php y pasarle de paso una variable.
Código PHP:
<?/*
VINCULO QUE GENERA UNA PANTALLA POP-UP Y QUE ADEMÁS LE PASA UNA VARIABLE.
*/?>
<script language="JavaScript">
<!--
function MM_openBrWindow(theURL,winName,features) { //v2.0
window.open(theURL,winName,features);
}
//-->
</script>
<?
//echo "a.html";
//echo '"hola\'aji\'"';
echo '<p onClick='.'"MM_openBrWindow'.'(\'b.php?nombre=sara\',\'ventanab\',\'width=500,height=300\')"'.'><a href="#">hola</p></a>';
//<p onClick="MM_openBrWindow('b.htm','ventanab','width=500,height=300')">hola</p>
?>
Espero que te sirva..