Ya lo hice funcionar pero el codigo de PatomaS tiene un error, asi que se los dejo para que si otros lo ven lo vean como corresponde.
Código PHP:
var matriz=new Array(3);
for (i = 0; i < 3; i++){
matriz[i]=new Array(3);
}
Eso te crea un array de 3 x 3
y lo rellenas así por ejemplo:
matriz[0][0]="contenido 1";
matriz[0][1]="contenido 2";
