Hola,
Cita: pero eso no me pasa con MS Sql y ASP ni de coña.
Quizas si te pasa en ASP y MSSQL si estan "mal" configuradas.
El problema es de charsets, codificaciones de caracteres y demas. Si tu MySQL esta configurado como "ingles", pues los caracteres "raros" (acentos y demas) pues pueden salir mal. Si en tu HTML dices que usas una codificacion iso y luego generas salida UTF-8, se veran caracteres raros.
PHP tiene soporte procticamente nulo para UTF-8. Y MySQL ahora mismo no se.
Investiga el charset y codificacion de tu servidor MySQL. Tambien mira que charset y codificacion que especificas en tus paginas. Si coinciden, CREO que no deberia darte problemas, ya que CREO que PHP no hace ninguna "traduccion" de charsets y/o codificacion.
Saludos.