Necistas usar SSL (Secure Socket Layer) en Apache . .Eso es un módulo que debes instalar a Apache para que puedas definir servidores virutales ("virtual host") que tengan las propiedades de usar SSL y . .ahí será donde tendrás que trabajar todas las páginas (HTML/PHP de proceso) que necesiten ir en conexión segura.
No indicas el Sistema Operativo de tu servidor (Windows? .. Linux?) pero eso es lo que necesitas .. el mod_ssl de Apache o alguna versión de Apache compilada con SSL (
http://httpd.apache.org)
Un saludo,