Con las funciones exec(), system() y afines .. lo único que haces es ejecutar un comando en la "consula" (línea de comandos) del Sistema Operativo de tu servidor ..
Si tu tienes en tun W2000 un cliente FTP que puedas llamarlo desde línea de comandos pasandole los parámetros que este requiera para conectarse y demás .. podrías usar exec() o cualquier función afin.
Pero .. lo ideal es que uses las funciones FTP y que esa gestión lo haga PHP. Así evitaras problemas de seguridad (si usas "safe mode" no vas a poder ni usar exec() ...) y sobre todo compatibilidad y portabilidad ya que haras un código que funcionará en cualquier servidor (S.O. y configuración) ..
Si los problemas intentas solventarlos en lugar de buscar alternativas .. veras que te irá mejor. Tienes que llegar siempre al fondo del problema y tal vez sacar alguna conclusión como: "no tengo soporte FTP en mi PHP .. y no tengo control del servidor como para instalar dicho soporte" .. en ese caso.. habría que ver otras alternativas (no sólo exec() .. podría ser por sockets directo implementado en protocolo del FTP integro (hay classes que lo hacen
www.phpclasses.org .. que es lo mismo que hace PHP al usar tus funciones de FTP).
Un saludo,