Hola, nosotros desarrollamos algo exactamente identico para una universidad.
Ellos tienen sus casi 10 mil mailes.
Se utilizo SQl y se envia el mail asi:
select * from 'mail' where 'mail' = $condicional;
Luego viene el envio del mail con un for.
Y cada mail queda checado (igual que en tu caso), y asi nunca recivira 2 veces la misma info.
El condicional comprenderas que es un campo de un form donde colocas algo como:
Enviar a todos los correos terminados en: [hotmail.com]
Ya con esto te liberas de unos.... 1000 Correos, etc...
Actualmente en menos de 30 minutos se envia la info, que ademas permite otra gran cantidad de parametros como borrar tu mail de la lista, (No se trata de enviar Spam).
Espero la idea pueda serte util.
Salu2!.
__________
Visitanos en:
www.internetprofesional.com