Hola
Vamos a ver, este post es un poco raro desde el principio, pero vayamos paso a paso.
Primero, el Apache, es un servidor web con más años que el IIS y aunque mejor en muchos aspectos, no podemos decir que el IIS sea malo, y definitivamente, no podemos hablar de bajo rendimiento en 50 usuarios.
Conste que a mi me gusta más el apache tras haber trabajado con ambos.
Por otro lado ¿qué cosas son esas que solo funcionan con la combinación apache + windows y no en otra conbinación?.
Tercero, hay muchos servcios de hosting que ofrecen php sobre windows, solo has de preguntar si su servidor web es apache o IIS.
Cuarto, ¿podrías pasarnos la dirección de ese servidor 3.1 de apache y así revisamos lo que tiene? Lo digo, porque yo solo conozco los que están aquí:
http://httpd.apache.org/
Y definitivamente el servidor web que utilices,sea cual sea, funcionará bien para 50 usuarios y más, en todo caso, los tapones o cuellos de botella, estarán en la programación de los php, la base de datos y en las otras aplicaciones que el servidor ejecute, por ejemplo, un servidor web dedicado, tiene mejor rendimiento que un servidor web montado en la misma máquina en la que están las bases de datos y las aplicaciones ofimáticas.
Bueno, espero que resuelvas de forma afortunada la situación.
SUerte
Felicidad