phpMyadmin es sólo uno de tantos "GUI" (¿Graphical? User Interface) para Mysql ...
Mysql sólo soporta "relaciones" entre tablas (de forma automática con sus claves foráneas y demás temas relacionados) con tablas tipo Innodb (que no son las MyISAM que por defecto usa Mysql y que así las define "phpMyadmin" si creas tablas con dicho GUI).
De todas formas (uses o no tablas Innodb) puedes usar otro tipo de GUI para Mysql que te ofrezcan "asistentes" para armar tus consultas SQL complejas de una forma más visual; por ejemplo con GUI's para Windows como:
Navicat
www.mysqlstudio.com
EMS Mysql Manager
www.mysqlmanager.com
Un saludo,