tu pregunta va mas enfocada a SQL... vuelvo a poner tu código con algunas modificaciones
<?
/**todo esto deberias hacerlo en una sola función u objeto para no ponerlo de nuevo...*/
# Recogemos en una variable el nombre de la Base de Datos
$base="empresa";
# establecemos la conexion con el servidor
$conex=mysql_connect("localhost","root","");
#Seleccionamos la Base de Datos
mysql_select_db($base,$conex);
//*tu consulta la modifiqué, usando la función de SQL COUNT y la instrucción GROUP BY, con esta sentencia no solo seleccionas el mas alto, sino todos, pero ordenados de mayor a menos */
# Asignamos a una Variable el query SQL
$ssql="SELECT COUNT(cl.nombres) AS cuantos, cl.codigo_zona, zo.descripcion FROM clientes AS cl, zonas AS zo WHERE zo.codigo = cl.codigo_zona GROUP BY cl.codigo_zona ORDER BY cuantos ";
# Ejecutamos la Sentencia
$res=mysql_query($ssql,$conex);
# Mostramos los resultados
# CREAMOS UNA CABECERA DE UNA TABLA (codigo HTML)
echo "<table align='center' border='2'>";
#te hace falta una mejor cabecera, como esta...
echo "<tr><td>Cantidad de Clientes</td><td>Código de Zona</td><td>Descripción de Zona</td>";
while ($registro=mysql_fetch_object($res)){
# insertamos un salto de línea en la tabla HTML
#no es un salto de linea, es una fila
echo "<tr>";
echo "<td>".$registro->cuantos."</td>";
echo "<td>".$registro->codigo_zona."</td>";
echo "<td>".$registro->descripcion."</td>";
echo "</tr>";
}
echo "</table>";
# Cerramos la Conexion
mysql_close($conex);
?>
eso debe ser suficiente...
saludos