Ese aviso es que el audio es MP3 de bitrate variable, que el virtualdub no maneja bien. Utiliza Virtualdubmod (muy parecido a virtualdub) y cuando te dé el aviso, te dará a elegir entre SI y NO (el virtualdub normal sólo te da la opción de OK), y tú le das a NO para que virtualdubmod trabaje con audio MP3 VBR. El resto, como lo fueras a hacer.
Un saludo
