Encontré esto buscando por Google:
Cita: "Joint Stereo" saca partido de las similitudes entre los canales izquierdo y derecho. Esto permite que se use más bitrate en otras zonas y en muchos casos esto puede ganar calidad en la calidad general de la compresión. Casi todos los codificadores usan este método a la compresión estandard, 128 Kbps.
Pero para algunos tipos de audio esto puede ser perjudicial. En audios con efecto "hueco" ó con efectos de eco puede producir un efecto indeseado de "temblequeo" ó efecto metálico. En estos casos es mejor usar el modo "Stereo" convencional. Este sistema crea dos canales totalmente independientes y consigue su máxima eficacia en bitrates de 160 Kbps y superiores, ya que la mitad de este valor es usado en cada uno de los canales, a partes iguales.
Lo que viene a decir es que "Stereo" es cuando tienes dos canales de audio independientes entre sí (por tanto cada uno se comprime de forma independiente), mientras que con "Joint Stereo" las partes de los dos canales que son muy similares se comprimen juntas para ahorrar espacio.
Ojalá te sirva
