Hola,
Si lees en el manual la funcion file() (
www.php.net/file) veras que dice que se conserva el salto de linea al final de cada elemento. Usa trim() (
www.php.net/trim) para eliminarlo.
Saludos.
PD: Tambien usaria strtolower() o strtoupper() para pasar ambas cadenas al mismo "case".
PD2: Ya puestos, ¿para que el bucle? Tienes la funcion in_array() para ver si un valor esta en un array. Y en $ship puedes almacenar $country, ya que tiene el mismo valor que $pais[$i]. No se en realidad cual puede ser mas rapida, pero creo que C siempre sera mas rapido que PHP.