Hola,
Cita: AH! las fechas, claro, las tengo en formato SQL
¿Y que formato es ese? ¿DATE, DATETIME, TIMESTAMP?
De todas formas, creo que la forma de operar es pasar las fechas a unix_timestamp (mktime(), ...), restarlas y ya tienes la diferencia en segundos. Luego a base de divisiones puedes pasar de segundos a un formato de dias:horas:minutos:segundos (o cualquier otro).
Creo que en las FAQs habia un mensaje sobre operaciones con fechas.
Saludos.