En principio ... debes "centralizar" todos tus links (llamadas) por un script PHP que será el que hará dos cosas:
1) contabilizar tus nuevo "click" (aumentar un contador).
2) redireccionar hacia la página que se indique.
Código PHP:
<?
// 1) contar click en una BD o archivo de texto plano
// ......
// 2) Redireccionar
header("Location: $_GET['url']");
?>
Depende como quieras llevar el control sobre una base de datos o archivos de texto plano .. tendrás que crear "registros" con el dato: URL -> clicks .. Pero antes tendras que leer el dato de cuantos clicks tiene ese URL para aumentarlo.
Un saludo,